《名侦探柯南剧场版通往天国的倒计时》讲述了柯南、灰原、步美、光彦、元太随博士露营归来，绕道参观西多摩市新建的日本第一双塔摩天大楼。毛利小五郎应邀参加双塔所有者常盘美绪的开幕典礼，带着小兰和园子一同前往。参观期间，灰原的行为显得异常。双塔大楼的开发者大木提前入住B塔后被害，目暮警官开始调查，发现他与美绪之间似乎有不寻常的关系。不久，原也在家中被杀害。随着案件的深入，柯南逐渐揭开了隐藏在双塔大楼背后的阴谋，并与凶手展开了一场惊心动魄的对决。最终，柯南凭借智慧与勇气，成功阻止了凶手的计划，保护了大家的生命安全。