《名侦探柯南剧场版银翼的魔术师》讲述了毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托，原因是她收到了一封来自怪盗基德的预告信，信中宣布他将在舞台上夺取牧树里佩戴的蓝宝石戒指“命运的宝石”。毛利小五郎接受了保护宝石的任务，并根据推理认为基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南一同前往剧院，准备阻止基德的行动。然而，事情并不简单，柯南在与基德的多次交手中逐渐揭开了更多的谜团，最终发现事情的背后隐藏着更大的阴谋。在这场智谋与勇气的较量中，柯南不仅要保护宝石，还要揭开真相，阻止更大的危机发生。