《大怪兽之战奥特银河传说THE MOVIE》讲述了人类进入宇宙开拓时代后，成立了支援资源开采的战斗组织ZAP SPACY。故事以ZAP SPACY的宇宙运输船船员为主角，他们因波利斯行星的定期联络突然中断，决定前往调查。抵达波利斯后，四人发现行星已荒废，并遭遇了被认为已灭绝的怪兽。与此同时，一名能够驾驭怪兽的青年雷出现，他的身份成谜。随着怪兽的出现，激烈的战斗拉开序幕。另一方面，曾经的奥特战士贝利亚因渴望力量而堕入黑暗，被封印多年后，他被扎拉布星人救出，并重返光之国复仇，引发了一场大战。贝利亚最终夺走了光之国的核心能源，宇宙的和平再度面临威胁。