21世紀，地球迎來了短暫的和平，然而一顆神秘的隕石從宇宙墜落，隕石中藏著一個人工製造的時空囊。地球和平聯盟TPC的GUTS小隊通過時空囊得知地球即將面臨巨大的災難。與此同時，時空囊預言的兩大怪獸“哥路渣”和“米路巴”相繼出現，GUTS小隊根據預言開始尋找隱藏在金字塔中的三大巨人的身體。經過艱難的搜尋，GUTS隊員們終於找到了金字塔，但兩大怪獸也緊隨而至。儘管GUTS隊員們拼死守護，三個巨像還是被破壞得只剩一個。隊員大伍的戰機被擊中，逃生裝置失靈。在危急時刻，大伍突然化作一道光，與最後一個石像融合。光之巨人“迪迦”因此復活，並與兩大怪獸展開激烈的戰鬥。與此同時，小學生新星勉是《蓋亞奧特曼》的忠實粉絲。一天晚上，他在觀看《蓋亞奧特曼》的錄像時被捲入一個奇怪的空間，在那裡他看見了一個紅色光球和一名站在火海中的女孩。第二天，這名女孩竟然出現在他的學校，名叫七濑理沙。放學後，勉在自家的倉庫中再次看到了那個紅色光球，故事的謎團逐漸揭開。