《萌学园：寻找磐古》讲述了一所隐藏在地球大气层外平行空间中的魔法学校——萌学园的故事。这所学校由夸克族人组成，由现任萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之星和月之星代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，萌骑士意外引来了宇宙中的黑色力量莫尔斯。莫尔斯威胁萌骑士交出磐古，否则将用魔法抽干地球水资源，导致所有生命干涸而死。为了拯救地球，萌骑士踏上了寻找磐古的旅程。他们发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的联系，但要阻止莫尔斯夺走磐古，他们必须付出巨大的代价。萌骑士与莫尔斯展开了一场关乎地球存亡的关键战役。