《萌学园第六季复活之战》讲述了萌骑士团面临前所未有的危机。暗黑势力卷土重来，企图夺取蕴含强大能量的时空宝石。幻之星、智之星等五位骑士在战斗中意外触发宝石力量，导致成员们被分散到不同时空。为重组团队，十之星踏上寻找伙伴的旅程，发现每位骑士都陷入了记忆迷失的困境。随着炎之星在火山秘境觉醒，月之星在镜像世界找回自我，众人逐渐集结。最终在萌学园师生协助下，骑士团以"五星合力"的全新招式击败暗黑首领，修复时空裂缝，再次守护了宇宙和平。本季新增时空穿越元素，在延续热血战斗风格的同时，深入探讨了伙伴羁绊与自我成长的主题。