《咯咯咯鬼太郎3》延续了前两季的奇幻冒险风格，讲述了鬼太郎与妖怪朋友们在妖怪世界和人类世界之间穿梭的故事。作为幽灵族最后的幸存者，鬼太郎身穿黄黑横纹背心，脚踏传统木屐，以头发、背心和木屐为武器，与邪恶妖怪展开战斗。这一季中，鬼太郎收到了一封求助信，来自一名小学生三浦健太。健太和家人居住的小区因修建主题公园而被拆毁，稻荷神社也面临被拆除的命运。鬼太郎与妖怪朋友们决定帮助健太一家，保护神社，并与企图破坏人类与妖怪和平的邪恶势力对抗。在冒险过程中，鬼太郎不仅要解决妖怪世界的问题，还要面对人类与妖怪之间的误解与冲突，努力维护两个世界的平衡与和谐。