《忍者神龟2：破影而出》讲述了城市恢复平静后，大反派史莱德重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球。忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克及面具义警凯西·琼斯并肩作战，共同打击邪恶势力。史莱德逃脱拘留后，与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其手下猪面和牛头联合，释放了变种物质，企图制造更多混乱。忍者神龟们在战斗中发现了变种物质的泄漏之处，并与史莱德展开了新一轮的激烈对抗。在战斗中，神龟们不断提升自己的能力，最终成功阻止了史莱德的阴谋，保卫了地球的和平。