《东方不败：风云再起》讲述了东方不败在黑木崖一战后销声匿迹，江湖上群龙无首，各方势力纷纷冒充其名号，导致天下大乱。东方不败的昔日爱妾雪千寻为延续爱人的霸业，重整日月神教。与此同时，朝廷水师提督顾长风奉命探查东方不败的生死之谜。在黑木崖，顾长风遭遇西班牙舰队，危急时刻被一位神秘怪人所救，他坚信此人便是东方不败本尊。重出江湖的东方不败得知世人假借其名作乱，决定现身清理门户。他与雪千寻重逢，却冷酷斩断情缘。顾长风救下雪千寻并心生爱慕，但雪千寻心中唯有东方不败。东方不败欲再统江湖，顾长风为平息纷争，率朝廷水师与之展开激战。在一场混战后，雪千寻身死，东方不败怀抱逝去的爱人，心中似有所悟，最终独立船头，悄然而去。