《蜡笔小新2006剧场版Amigo！森巴入侵计划》讲述了双叶幼儿园即将举办游园会，往年都会跳春日部舞，但今年松阪老师突然提议跳森巴，遭到吉永老师和上尾老师的反对，最终不了了之。然而，第二天吉永老师却一反常态，极力向园长建议游园会上跳热情的森巴。与此同时，因为一块布丁，野原新之助和妹妹小葵激烈争吵，小新甚至扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”。就在这时，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意收养小葵，并以向日葵公主的身份展开新的生活。一道强光过后，野原一家被吸入UFO，开始了宇宙旅行。他们从向日葵星国王口中得知，地球和向日葵星正面临前所未有的危机，而小葵是防止危机的关键。野原一家必须携手合作，化解这场宇宙危机。