自从魔斯拉、翼龙拉顿、三头龙基多拉和哥斯拉混战结束后，帝王组织在骷髅岛建立了观察区，大部分资料向公众开放。此时的金刚也已经长大。一家高科技公司APEX利用这些资料，尝试一项大胆的任务，意图消灭哥斯拉，但这一任务充满风险和危机。哥斯拉感应到了APEX的机械巨兽，开始向人类发动攻击。APEX决定利用金刚探寻地心世界以获得更多能源。一心只想回到真正家园的金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们同行的还有一个年轻的孤儿女孩吉雅，她与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。然而，在前行的航道上，他们与愤怒的哥斯拉狭路相逢，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开……