《机动战士高达 闪光的哈萨维》的故事发生在宇宙世纪U.C.105年，地球联邦政府因腐败和环境恶化，实施了强制平民迁往宇宙的政策，并展开了残酷的“人类狩猎”行动。在这背景下，反地球联邦政府组织“马夫蒂”悄然崛起，其首领“马夫蒂·纳比尤·艾林”的真实身份是联邦军上校布莱德·诺亚之子——哈萨维·诺亚。哈萨维化名行动，带领马夫蒂对联邦政府展开了一系列反抗行动。与此同时，联邦军派遣了精锐部队追捕马夫蒂，并试图揭开其首领的真实身份。哈萨维在战斗中逐渐意识到战争的残酷与自身使命的沉重，同时也面临着与昔日战友和亲人的对立。故事通过哈萨维的视角，探讨了战争、理想与人性的复杂关系。