《新世纪福音战士 剧场版：破》讲述了碇真嗣在父亲碇元渡的命令下，驾驶EVA初号机对抗使徒的故事。在第二次冲击后，世界陷入废墟，真嗣被带到第3新东京市，却意外卷入使徒与军队的战斗中。NERV的葛城美里救下他并带往总部，碇元渡冷酷地命令真嗣驾驶EVA迎战使徒。真嗣起初拒绝，但看到重伤的绫波丽后决定服从。随后，来自德国的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾加入，与真嗣和绫波丽共同对抗不断袭来的使徒。真嗣面对远超自己能力的挑战，而碇元渡暗中推动着神秘的“人类补完计划”。故事中，真嗣与明日香的关系逐渐加深，而绫波丽的身份之谜也逐渐浮出水面。