《机动战士高达SEED DESTINY HD REMASTER》讲述了C.E.71年，地球联合军与扎夫特之间的战争持续升级，中立国家奥布联合酋长国也卷入冲突。少年真·飞鸟在战争中失去了家人，怀着复仇之心加入了扎夫特军，成为新型高达“脉冲高达”的驾驶员。与此同时，基拉·大和与阿斯兰·萨拉再次被卷入战争的漩涡，各自为保护自己所珍视的人而战。随着战局的发展，三方势力的矛盾愈发激烈，真·飞鸟在复仇与正义之间挣扎，而基拉与阿斯兰则试图寻找和平的出路。战争不仅考验着他们的信念，也让每个人面临艰难的选择。最终，真相逐渐揭开，少年们不得不在纷乱的战场上找到属于自己的道路。