《命运石之门 剧场版:负荷领域的既视感》延续了TV版的剧情，讲述了冈部伦太郎在成功拯救牧濑红莉栖和真由理后，世界线恢复正常的故事。然而，冈部逐渐发现自己出现了一种名为“既视感”的现象，频繁体验到过去和未来的片段。与此同时，他察觉到世界线正在发生微妙的变化，似乎有一股未知的力量在悄然影响时间的流向。为了彻底解决这一危机，冈部与未来发明研究所的伙伴们再度展开行动，深入探索时间旅行的奥秘。他们必须面对新的挑战，揭开隐藏在负荷领域背后的真相，确保世界线的稳定。最终，冈部在与命运的博弈中再次作出了艰难的选择，守护了他所珍视的一切。