《齐木楠雄的灾难 第二季》延续了超能力高中生齐木楠雄的日常喜剧。拥有心灵感应、瞬间移动等全能超能力的他，始终认为这些能力只会带来麻烦，因此极力隐藏自己并追求平凡生活。然而事与愿违，个性鲜明的同学们不断闯入他的世界——热血笨蛋燃堂力、中二病患海藤瞬、自恋狂魔照桥心美等角色轮番制造笑料。本季新增了能消除超能力的鸟束零太等新角色，使齐木被迫应对更混乱的局面。在躲避照桥"完美美少女"攻势、处理燃堂无厘头请求的同时，齐木还要面对突然出现的哥哥空助的科技挑衅。每集由多个短篇组成，超能力与日常生活的碰撞催生出层出不穷的爆笑灾难。