《海尔兄弟宇宙大冒险第三季》讲述了海尔兄弟与智慧老人发现一颗神秘小行星正高速逼近地球的危机。为阻止这场灾难，三人驾驶新型宇宙飞船"智慧号"展开星际救援。他们穿越虫洞抵达小行星带，利用反物质装置改变行星轨道，途中遭遇外星机械文明的阻挠。通过破解远古星图密码，兄弟俩发现这颗行星竟是高等文明遗留的生态方舟。最终他们启动星际协同协议，将危机转化为机遇——引导方舟成为地球的轨道生态站，为人类带来新能源与外星植物基因库。冒险中穿插了引力弹弓效应、戴森球原理等科学知识，延续了系列"危机化解+科学启蒙"的特色。