《银河奥特曼S》是《银河奥特曼》的续作，故事发生在前作的两年后。特搜队“UPG”为了应对新的超常现象而成立，负责守护地球免受外星威胁。主角银河奥特曼迎来了新的形态“Strium”，并与维克特利奥特曼联手对抗强大的敌人。切布尔星人艾克塞拉和他的智能机器人10企图夺取神秘的能量水晶体“维克特利水晶”，以掌控宇宙的力量。银河奥特曼与维克特利奥特曼在战斗中逐渐加深了彼此的信任与羁绊，共同面对危机。地底居民维克特利人也加入了这场战斗，为守护地球和宇宙的和平贡献自己的力量。故事展现了团结与勇气的重要性，以及奥特曼们为保护人类而战的决心。