《还珠格格3天上人间》讲述了小燕子与永琪婚后依旧活泼闹腾的故事。南巡途中，小燕子将食物分给山东灾民，并大闹官员奢侈宴席，乾隆被他们的正义感动。乾隆迷恋歌姬夏盈盈欲立为妃，引发皇后削发为尼的悲剧。晴儿与箫剑相爱却受阻，小燕子暗中相助反遭太后责罚。
当太后发现小燕子身世秘密后囚禁箫剑，小燕子得知乾隆竟是杀父仇人，对永琪的爱逐渐冷却。永琪被迫娶知画，引发妻妾矛盾。边疆战事中尔康重伤被缅甸公主慕沙所救，紫薇历经艰险寻夫，最终帮助染上药瘾的尔康康复。
结局时永琪为爱放弃王位，与小燕子隐居大理。多年后乾隆携尔康来访，箫剑晴儿也带着子女团聚，三代人其乐融融，在天上人间留下欢声笑语。