《少年包青天3》讲述了北宋仁宗年间，包拯在求学期间的故事。包拯虽尚未成名，但已是庐州才子，一心追求真理，认为发掘事实真相比功名利禄更为重要。他与同学公孙策才智相当，两人常暗中较劲，但每次破案包拯总能抢先一步，令公孙策逐渐折服。一次偶然，包拯结识了背负血海深仇的凌楚楚。楚楚设计将包拯一行人带到她从小生活的村庄，希望包拯能查出当年父亲失踪的真相。在调查过程中，包拯多次得罪权贵，坚持追寻真相，展现了他日后成为清官的潜质。随着案件逐渐揭开，楚楚背后的故事也浮出水面，众人对她的活泼好动有了更深的理解。包拯的才智和胆识在这一系列事件中逐渐显露，为他日后的传奇人生奠定了基础。