《银河奥特曼S》是《银河奥特曼》的续作，故事发生在两年后的世界。面对新的超常现象，人类成立了特搜队UPG（Ultra Party Guardians）以应对未知的危机。UPG的任务是守护神秘的能量水晶体“维克特利”，并与地底居民维克特利人合作。与此同时，切布尔星人艾克塞拉和他的智能机器人10企图夺取维克特利水晶体的力量，引发了一系列冲突。银河奥特曼与维克特利奥特曼联手，共同对抗艾克塞拉的阴谋，保护地球的和平。战斗中，银河奥特曼还解锁了全新的斯特利姆形态，展现出更强大的力量。故事充满了科幻与冒险的元素，展现了奥特曼与人类的共同奋斗。