《新扎师兄》讲述了立志服务社会的张伟杰（梁朝伟饰）考入少年警校，与四位好友同甘共苦。毕业后他事业顺利，却因工作冷落女友谢颖之（张曼玉饰），被好友乔志豪（关礼杰饰）趁虚而入。失意时他接受了暗恋自己多年的林佩贤（黄造时饰）。师兄倪峰（刘青云饰）在一次行动中因张伟杰迟疑而受伤致残，退出警界后沦为杀手。张伟杰同父异母的哥哥张家明（戴志伟饰）卷入诈骗案遭追杀，杀手竟是倪峰。倪峰不忍下手，张家明却用张伟杰的配枪自尽。张伟杰被怀疑涉案，调查中发现此案牵扯众多亲友，甚至想独自顶罪。故事展现了警界兄弟情谊与人性抉择的复杂纠葛。