《四月一日三姐妹之家庭故事第二季》继续讲述了居住在东京下町的四月一日家三姐妹的日常生活。母亲在她们幼年时去世，父亲也在去年离世，留下了独立家屋给她们。三姐妹一花、二叶和三树共同生活，彼此扶持。第二季中，二叶结婚后搬回娘家，与一花、三树重新开始同居生活。她们的日常对话和互动成为故事的核心，每一集围绕她们生活中的小事件展开。三姐妹的谈话充满幽默与温情，展现出她们之间的深厚感情。与此同时，一位神秘的女高中生物述有栖突然出现在她们的生活中，带着未知的目的，为故事增添了新的悬念与趣味。姐妹三人在面对生活挑战的同时，也逐渐揭开了这位神秘少女的真实意图。