《红伤骑士X》的故事发生在一个象征理性的“青之世界”，该世界正遭受由本能支配的“红之世界”生命体NightflyO’Note的侵袭。17岁的主人公麻黄Akira原本是一名青之世界的研究员，因能力出众被提拔为最前线的战斗指挥官，负责管理横跨石垣岛和西表岛的对位相外防卫机关“琉球LAG”。在那里，她遇见了第五战斗单元全军覆灭后成立的第六战斗单元“IS”的学生们。麻黄Akira作为教官，率领着被称为“Scared Rider Xechs”的六名骑手，共同对抗来自异世界的威胁。在战斗中，他们的友情逐渐加深，并共同为守护青之世界而浴血奋战。