《奇迹列车》讲述了一辆神秘列车在东京地下奔驰的传说。这列名为“奇迹”的列车上，搭载了六位英俊的男子，他们各自以东京的著名车站命名，性格各异。每当有女孩被烦恼困扰时，列车便会出现在她们面前。六位男子会根据女孩的烦恼，给予她们帮助与安慰，直到她们的内心重新获得平静，列车才会消失，等待下一位需要帮助的女孩。这些男子分别是沉默细心的六木本史、冷静稳重的都厅前、充满魅力的新宿凛太郎、神秘坚韧的月岛十六夜、可爱却偶尔毒舌的汐留行以及热血行动派的两国逸巳。在列车长的安排下，他们每晚都在车站等待着那些需要奇迹的女孩的到来。