《水星领航员OVA》讲述了未来世界2301年，人类将火星改造为美丽的“水星”AQUA。在新威尼斯这座观光都市中，15岁少女水无灯里从高度机械化的地球来到这里，加入了名为“ARIA”的小型领航员公司。作为见习领航员，灯里每天驾驶小船带领游客游览城市美景。某天，梦见成为顶级领航员Prima的灯里开始对自己的选择产生困惑，她不断思考为何前辈艾莉西亚会选中自己。为了解开灯里的心结，艾莉西亚开始讲述ARIA公司的过往历史，以及自己成为领航员的经历。通过这段回忆，灯里逐渐理解了领航员职业的真谛，也重新找回了对这份工作的热爱与信心。