《捷德奥特曼剧场版连接吧！心愿！！》讲述了巨大人工智能吉尔巴利斯企图抹杀全宇宙的智慧生命体，并为了寻找“赤钢”向地球发动进攻的故事。朝仓陆（捷德奥特曼）从伽古拉处得知这一消息后，与伙伴们前往冲绳寻找“赤钢”。在冲绳，他们遇到了库西亚人比嘉爱琉，并在她的带领下找到了“赤钢”。然而，小陆无法令“赤钢”觉醒。与此同时，吉尔巴利斯的手下加拉特隆军团开始攻击冲绳。危急时刻，欧布奥特曼和赛罗奥特曼现身支援。面对强大的敌人，捷德奥特曼在伙伴们的激励下，借助“心愿”的力量进化成终极形态，并使用最强武器“Giga终结者”与吉尔巴利斯展开最终决战，成功阻止了地球的毁灭危机。