桐生战兔创造的新世界里，人们失去了关于假面骑士和天空之壁的所有记忆。战兔与搭档万丈龙我记录着旧世界的历史，靠贩卖发明品维生。某天，龙我遇见神秘少女马渕由衣，她声称在旧世界被CrossZ抛弃成为人体实验受害者。与此同时，外星生命体Killbas从白色潘多拉嵌板现身，袭击战兔和龙我。危急时刻，Evolto突然出现保护了龙我。Killbas企图利用复活的潘多拉盒子毁灭宇宙，而龙我不得不与宿敌Evolto组成临时同盟。随着昔日同伴们恢复记忆重新集结，龙我必须在拯救宇宙的同时解开由衣的心结，而Evolto的真实目的仍笼罩在迷雾中。