漆黑的夜晚，一名间谍潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即展开追逐，最终间谍的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，发现一名受伤的美丽女子。她失去记忆，手机也损坏无法使用。柯南等人决定帮助她恢复记忆。然而，这名女子其实是黑衣组织的重要成员库拉索，她的失忆是假装的。随着调查深入，柯南逐渐揭开了她的真实身份，并与黑衣组织展开了一场惊心动魄的对决。最终，库拉索在关键时刻选择牺牲自己，拯救了大家，而柯南也再次挫败了黑衣组织的阴谋。