《乐高DC超级英雄美少女》讲述了哥谭市遭遇新危机的冒险故事。当蝙蝠侠正悠闲地与爱犬互动时，电视上突然播放露易丝·莱恩的紧急报道：小丑再次入侵哥谭。正义联盟立即集结准备行动，却发现闪电侠神秘缺席。与此同时，神奇女侠被评选为超级英雄高中的本月明星，她的母亲希波吕忒女王受邀来访。然而女王却要求女儿离开学校，回到天堂岛学院就读。面对突如其来的家庭要求和城市危机，神奇女侠必须在保卫哥谭和遵从母命之间做出艰难抉择。随着剧情发展，正义联盟成员们将揭开闪电侠失踪的真相，并携手对抗小丑带来的新威胁，展开一场充满欢乐与勇气的乐高式冒险。