14岁的爱莉卡·梦宫为了寻找失踪的母亲来到繁华都市，这里有一群被称为“乙HiME”的特殊女性，她们作为王族和政治家的参谋活跃在权力中心，是无数少女向往的存在。爱莉卡被她们的风采所吸引，立志成为顶尖的“舞乙HiME”。她进入培养乙HiME的伽尔德洛偑学院，结识了妮娜等同伴。在充满友情与竞争的校园生活中，少女们逐渐成长。与此同时，人类在经历多次战争后封印了高科技，转而依靠主人与乙HiME的契约维系各国平衡。当西弗露·弗兰在列车上遭恐怖分子绑架时，布鲁斯·瓦尔斯与他的乙HiME莱娜·尤奈妮亚成功解救了她，但这短暂的和平很快被新的危机打破。