在桐生戰兔創造的新世界中，人們失去了與假面騎士及Sky Wall有關的記憶，過著和平的生活。戰兔與搭檔萬丈龍我在記錄舊世界的歷史同時，靠販賣戰兔的發明品維生。某天，龍我遇到一位擁有假面騎士CrossZ記憶的神秘少女馬渕由衣。由衣指責龍我在舊世界拋棄她，使她成為人體實驗的受害者。與此同時，自稱“Killbas”的地球外生命體從白色潘多拉嵌板中出現，襲擊戰兔。Killbas擬態成傳奇舞者柿崎悟志的外貌，並以壓倒性的力量攻擊龍我與由衣。危急時刻，Evolto突然出現保護了龍我。Killbas企圖利用潘多拉盒子的力量毀滅宇宙，而昔日的同伴們也因潘多拉盒子的力量恢復了記憶，聚集在龍我身邊。龍我與Evolto組成奇妙的搭檔，共同對抗Killbas的威脅。究竟龍我能否拯救宇宙和由衣？Evolto的真正目的又是什麼？一場關乎宇宙命運的戰鬥就此展開。