桐生战兔创造的新世界中，人们失去了与假面骑士及天空之墙相关的记忆，和平生活着。战兔与搭档万丈龙我记录旧世界历史的同时，靠贩卖发明品维生。某天，龙我遇见神秘少女马渕由衣，她声称在旧世界被CrossZ抛弃成为人体实验受害者，对龙我充满怨恨。与此同时，自称"Killbas"的外星生命体从白色潘多拉嵌板中出现，他竟是Evolto的兄长、前Blood族之王。Killbas袭击众人时，已死的Evolto突然现身保护龙我。为对抗企图用潘多拉盒子毁灭宇宙的Killbas，龙我不得不与宿敌Evolto组成临时同盟。随着潘多拉盒子力量觉醒，旧日同伴们陆续恢复记忆集结。龙我必须在拯救宇宙的同时解开由衣的心结，而Evolto暗中谋划的真正目的也逐渐浮出水面……