《最后的99天》讲述了解放战争即将胜利的历史背景下，共产党地下工作者肖昆与国民党军官肖鹏这对同父异母兄弟之间的生死较量。距离新政协召开仅剩99天，肖昆奉命前往上海，秘密争取并护送民主人士北上参会。与此同时，肖鹏受命严密监控并阻止这一行动。兄弟二人因立场不同而针锋相对，肖昆在危机四伏的环境中巧妙周旋，既要完成任务，又要面对亲情的考验。随着时间推移，国民党大势已去，肖鹏逐渐意识到历史的洪流不可阻挡，最终在关键时刻做出了抉择。故事展现了特殊历史时期下个人命运与国家命运的紧密交织，以及信仰与亲情之间的深刻冲突。