《四十九日祭》讲述了1937年南京大屠杀期间，圣马德伦教堂成为避难所的故事。日军攻陷南京后，十余名女学生和秦淮河妓女躲进教堂避难，随后又有多名男子因不同原因进入。日军不断寻找借口闯入教堂，企图将后院作为掩埋尸体的场所。国际安全区救援行动屡屡受挫。为保护藏在阁楼和地窖中的女性，教堂里的男人们相继牺牲。女人们或选择有尊严地赴死，或进行顽强抵抗。在这49天里，这群人在生死考验中缔结了深厚情感，懦弱者成长为勇士，迷失者找到方向，有罪者完成救赎。张嘉益饰演的神父与宋佳饰演的妓女玉墨等人，共同谱写了一曲在绝境中坚守人性尊严的悲歌。