《法证先锋II》讲述了法政部高级化验师Tim Sir（欧阳震华饰）凭借高超的物证检验手法，屡破奇案的故事。他的好友兼手下阿Sam（林文龙饰）是一名出色的法医，正与女友汀汀（钟嘉欣饰）筹备婚礼。阿Sam的好友Ivan（郑嘉颖饰）从英国归来，在一次炸弹危机中成功化解险情，赢得Tim Sir的赞赏。与此同时，扫毒组高级督察马帼英（佘诗曼饰）正追查大毒枭戴贵，戴贵独霸香港毒品市场。扫毒组与法证组合力追查戴贵的交易，却在关键时刻，戴贵的汽车爆炸，导致汀汀身亡，Tim Sir的女友小柔（蒙嘉慧饰）重伤。阿Sam悲痛欲绝，帼英怀疑爆炸案是另一毒枭石头勇所为，案件陷入迷雾。众人携手揭开真相，法证与刑侦的力量再度彰显。