《东方不败之风云再起》讲述了东方不败在黑木崖一战后销声匿迹，江湖上各方势力假借其名号作乱，导致天下动荡。东方不败的昔日爱妾雪千寻为延续爱人的霸业，重整日月神教。朝廷水师提督顾长风奉命探查东方不败的生死之谜，在黑木崖遭遇西班牙舰队，危急时刻被一位能徒手接住火枪子弹的神秘怪人所救。顾长风坚信此人便是东方不败，并以死相求得见真容。东方不败重现江湖后，得知世人假借其名作乱，决定清理门户。他找到雪千寻，却冷酷斩断情缘。顾长风救下雪千寻并心生爱慕，但雪千寻心中唯有东方不败。东方不败欲再统江湖，顾长风为平息纷争，率朝廷水师与之力战。在一场混战后，雪千寻身死，东方不败怀抱逝去的爱人，心中似有所悟，最终独立船头，悄然而去。