《狐闹干探2》讲述叶家灭门案后，沈琦遗骸引发灵异事件。物理学家沈玉回国，利用量子物理研究“暗物质”，发现巫女曲南燕并未死去，附身于叶家老太太身上。曲南燕诡计被识破后，杀害叶老太太并盗走《山海经异术录》重塑身体，变得更加疯狂。她操纵尸偶袭击众人，控制叶家镇民成为修炼九尾狐的工具。阿离、包天耀、春翰在沈玉的帮助下开始拯救镇民，但曲南燕控制了阿离的儿时伙伴阿忠，杀害春翰探长，阿离无奈用狐火烧死阿忠。面对亲人挚友的死亡，阿离、包天耀、沈玉三人痛苦万分。叶家镇陷入空前危机，沈玉利用阿离血液中的能量发明暗物质能量枪，阿离和包天耀继续阻止曲南燕将镇民变成尸偶。最终，阿离以妖丹之力注入暗物质能量枪，战胜曲南燕，拯救叶家镇。