故事发生在1926年的纽约，当时麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰，由玛丽露领导的反魔法组织活动频繁。与此同时，街头巷尾中频繁发生的灾难让魔法世界的存在面临暴露的危险，魔法部陷入了空前的紧张气氛。就在这时，魔法动物学家纽特·斯卡曼德抵达纽约，他的魔法手提箱里装着几十种他一路营救的魔法动物。纽特的行动被前傲罗蒂娜监视着。一次意外中，麻鸡雅各布误拿了纽特的手提箱，释放了里面的魔法动物。为了找回这些动物，纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮踏上了一段充满冒险的旅程。他们必须在魔法世界暴露之前解决这一危机，同时还要面对反魔法组织的威胁。