《源代码》讲述了美国空军飞行员柯尔特·斯蒂文斯上尉在阿富汗执行任务时突然惊醒，发现自己身处一辆高速行驶的列车上，身份也变成了一个陌生男子。他身边坐着一位名叫克里斯蒂娜的女子，正当他困惑不已时，列车发生爆炸，柯尔特再次醒来，发现自己被关在一个密闭空间里。女军官古德温通过视频与他对话，要求他报告列车上的情况。柯尔特逐渐意识到自己被送入一个名为“源代码”的模拟程序，任务是回到爆炸前的8分钟，找出恐怖分子并阻止灾难发生。随着一次次重返列车，柯尔特不仅要完成任务，还要面对自己真实身份的谜团和与克里斯蒂娜的情感纠葛。最终，他成功阻止了爆炸，并请求古德温让他在源代码的世界中继续生活。