在《新世纪福音战士剧场版：Air/真心为你》中，人类补完计划迎来最终阶段。SEELE发动了对NERV总部的全面进攻，试图强行启动仪式。碇真嗣陷入精神崩溃，拒绝驾驶初号机；明日香觉醒后独自迎战量产型EVA，最终惨烈战败。与此同时，绫波丽在中央教条区选择背叛碇元渡，将亚当与莉莉丝融合触发第三次冲击。整个世界开始崩解，所有人的灵魂逐渐融合为统一的生命形态。在精神世界中，真嗣经历了与所有人的对话后，最终选择接受现实的痛苦与孤独，拒绝人类补完。随着初号机升空，新世界的大门开启，仅剩的真嗣与明日香成为地球上最后的幸存者，故事在充满隐喻的结局中落下帷幕。