《刺客信条》讲述卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）被神秘组织绑架后，通过基因记忆技术Animus回溯15世纪西班牙刺客先祖阿圭拉的记忆。他发现自己竟是刺客兄弟会的后裔，肩负着寻找伊甸苹果——能控制人类自由意志的远古神器的使命。在现代圣殿骑士组织的胁迫下，卡勒姆逐渐觉醒刺客本能，与科学家索菲亚合作周旋。当发现圣殿骑士企图用神器奴役人类的阴谋后，他联合当代刺客兄弟会展开反击，最终在祖先记忆与现实交织的激战中，夺回伊甸苹果并继承刺客信条：万物皆虚，万事皆允。影片通过时空交错的叙事，展现自由意志与绝对秩序的千年对抗。