故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰。为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策。在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。随着故事的推进，孤门逐渐揭开了奈克瑟斯奥特曼的秘密，并肩负起了与异生兽战斗的重任。