《名侦探柯南剧场版：计时引爆摩天楼》讲述了高中生侦探工藤新一收到建筑大师森谷帝二的宴会邀请，但因身体原因无法出席，由化名江户川柯南的他与毛利兰、毛利小五郎代为参加。与此同时，东京接连发生多起爆炸事件，一名神秘罪犯威胁要炸毁森谷设计的标志性建筑。柯南发现这些爆炸案与森谷帝二过去的建筑作品有关，而罪犯的下一个目标竟是米花市政大楼。在兰被困即将爆炸的大楼内时，柯南必须在倒计时结束前破解罪犯设置的炸弹谜题。随着真相逐渐浮出水面，这场关乎整座城市安危的生死对决背后，竟隐藏着森谷帝二对完美建筑的偏执与复仇。