《龙非龙凤非凤》讲述了清朝末年，奕玝爷因仗义执言得罪了权贵王公世铎，导致双方结下深仇。世铎之子因闹市奔马拖死行人，奕玝爷出面主持公道，使其子死在狱中。此后，奕玝爷屡遭世铎陷害，甚至被诬陷为纵火犯和窃贼，幸得光绪皇帝庇护，才得以脱险。奕玝爷为躲避世铎的迫害，搬至南城，结识了艺人朱帘秀和维新志士文海澄，逐渐卷入朝廷的权力斗争。在慈禧太后与光绪皇帝的权力博弈中，奕玝爷多次挺身而出，试图帮助光绪亲政。最终，他揭发了慈禧并非旗人的秘密，逼迫慈禧支持光绪，但维新变法仍因慈禧的政变而失败。奕玝爷目睹变法失败，心灰意冷，而文海澄为救他献出了生命。故事展现了奕玝爷在动荡时代中的挣扎与无奈，以及他对正义和理想的坚守。