在晨雾弥漫的京都舞鹤湾，海上自卫队发现了一艘可疑船只。船上残留的神秘数据和零件证实不属于日本国内。与此同时，柯南和少年侦探团受邀参观宙斯盾驱逐舰，却意外卷入一场国际间谍事件。船上突然发生的爆炸将小兰抛入海中，而柯南在追查真相时发现这背后隐藏着更可怕的阴谋——有人企图利用先进武器系统在日本发动恐怖袭击。随着调查深入，柯南必须在限定时间内阻止这场危机，同时寻找失踪的小兰。在自卫队军官藤井七海的协助下，柯南与安室透等人联手，最终揭开了隐藏在迷雾中的真相，挫败了恐怖分子的计划，并成功救回了小兰。整起事件牵扯出多年前的一桩海上事故，以及由此引发的复仇行动。