《我们的眼睛》讲述了科学兴趣小组的四位少年——机灵勇敢的肖聪、知识渊博的李懂、憨厚健壮的吴国豪和美籍华裔女孩张美，跟随杨老师前往云南澄江帽天山化石群考察的故事。在参观完寒武纪化石遗址后，师生们入住抚仙湖畔的渔村，借宿在渔民齐大宝家中。当夜，孩子们意外发现湖面泛起神秘蓝光，循着光源竟在湖底岩层中找到一个来自外星文明的生物探测器。这个形似水晶球的装置能与人类产生意识共鸣，通过孩子们的视角记录地球文明。随着军方特工与境外势力的介入，四位少年在保护外星装置的过程中，逐渐解开探测器选择"孩子的眼睛"作为观察窗口的深意——唯有纯净的心灵才能承载文明间最真实的对话。