《潜艇总动员2》讲述了科研小潜艇阿力和贝贝的全新冒险。著名海洋学家苏红博士拥有四枚代表智慧、勇气、友谊和正义的上古勋章仿制品，她邀请阿力和贝贝完成任务以获取勋章，并承诺收集齐四枚勋章后，他们将受邀参加泉州海洋博物馆的开幕仪式并获得神秘奖励。阿力和贝贝与海上摩托艇蛙蛙、宠物猴淘淘等小伙伴一起，相继完成了地中海、北冰洋、阿拉伯海等地的搜寻任务，成功获得四枚勋章。最终，他们在泉州找到郑和沉船的船锚，将其作为珍贵文物赠送给海洋博物馆。苏红博士兑现诺言，在开幕式上燃放小潜艇形象的烟花作为惊喜奖励。通过这次探险，小潜艇们不仅变得更加成熟勇敢，还学到了许多海洋文明和文物保护的知识，成为真正的潜艇小英雄。