少年侦探团随阿笠博士露营归来，顺路参观西多摩市新建的双子摩天大楼。这栋由常盘财团建造的日本第一高楼即将举行开幕典礼，毛利小五郎受邀参加。参观过程中，灰原哀表现出异常的恐惧。不久，大楼设计师大木岩松在未开放的B栋遇害，目暮警官调查发现死者与常盘美绪社长关系复杂。随后原佳明也遭杀害，案件与黑衣组织有关。黑衣组织为消灭证据，计划炸毁大楼。在爆炸倒计时中，柯南带领众人惊险逃生，最终利用跑车飞跃断裂的联络桥，成功脱险。灰原哀一度决心牺牲自己，但在众人坚持下获救。整起事件揭露了黑衣组织与大楼项目的隐秘关联。