《名侦探柯南剧场版：瞳孔中的暗杀者》讲述了一系列针对警察的连续杀人案件。东京警视厅的两名警察相继遇害，柯南在街头目睹了一名警察在雨中被射杀，并试图追踪凶手但未能成功。死者闭眼时紧抓左胸，似乎在暗示着什么。柯南从目暮警官处得知，紧抓左胸的动作暗示那里有警察手册。不久后，又有一名警察在地下车库被人射杀，手中同样握着警察手册。随着案件的深入，柯南逐渐发现这些案件背后隐藏着更大的阴谋，并开始与警方合作，揭开真相。与此同时，小兰因目睹案件而受到刺激，失去了记忆，柯南在追查凶手的同时，也努力帮助小兰恢复记忆。最终，柯南成功揭露了凶手的身份，并阻止了更多的悲剧发生。